В VB есть режим интеграции с ос, вопрос в том можно ли так запускать одно приложение\окно...что-то в духе VBoxManage startvm "windows" startapp "Notepad.exe" -integrate mod?
С одной стороны, нужно грузить всю ОС. - вопрос ресурсов не стоит.
С другой стороны, вы можете подменить explorer нужным приложением и получить желаемое. - имхо костыль.
Еще, можно нужное приложение пробросить через Terminal Services - интересует именно вариант с режимом интеграции.