Возможно, выполняется загрузка установщика в режиме legacy bios вместо режима efi? Кажется, именно тогда этот раздел распознается установщиком как vfat.
Нужно выбрать меню загрузки BIOS и нужное устройство (например, привод cd-rom с ubuntu) там должно быть перечислено в двух экземплярах, различаться будет лишь префикс. Нужно выбрать тот, чей префикс будет "UEFI:"