смотря к какому елементу ты делаешь высоту 100%. Можно обвести их в 1 блок и сделать ему высоту в 1000px, тогда последующие блоки в нем с высотой в 100% будут работать иначе же, надо делать что-то вроде этого:
html {
height: 100%;
}
body {
margin: 0;
padding: 0;
height: 100%;
}
.content {
width: 960px;
min-height: 100%;
}