Работайте через LocalStorage. Заведите объект в котором будете сохранять данные о действиях с окном. Я делал именно так. Пример на основе Bootstrap:
<!-- Modal -->
<button class="btn btn-success btn-lg animate-btn" data-toggle="modal" data-target="#myModal">ВЫЗОВИ МАСТЕРА СЕЙЧАС</button>
<div class="modal fade" id="myModal" tabindex="-1" role="dialog" aria-labelledby="myModalLabel">
<div class="modal-dialog" role="document">
<div class="modal-content">
<div class="modal-header">
<button type="button" class="close" data-dismiss="modal" aria-label="Close"><span aria-hidden="true">×</span></button>
<h4 class="modal-title" id="myModalLabel">Не нашли что искали?</h4>
</div>
<div class="modal-body">
<!-- Тут контент в модальном окне -->
</div>
</div>
</div>
</div>
<script>
// Через сколько событие модал
var limit = 5000;
// Сбросить данные в localStorage через...
var repeat = 300000;
// При переходе на новую страницу проверяем данные и сбрасываем при необходимости
if (Date.now() - localStorage.getItem('count') > repeat) {
localStorage.removeItem('count');
localStorage.removeItem('show');
console.log('Данные в localStorage сброшены');
};
// Если это первое посещение, то запукает отсчет для события модал
if (localStorage.getItem('count') === null && localStorage.getItem('show') === null) {
localStorage.setItem('count', Date.now());
localStorage.setItem('show', 'false');
console.log('Счетчик установлен');
var timer = setInterval( function() {
var time = localStorage.getItem('count');
if (Date.now() - time > limit ) {
console.log('Событие модал');
$('[data-target="#myModal"]').trigger('click');
localStorage.setItem('show', 'false');
clearInterval(timer);
};
}, 500 );
} else {
console.log('Событие модал уже было');
}
</script>