JSFiddle и Codepen используют онлайн редактор кода с подсветкой синтаксиса CodeMirror.
Cloud9 используют Ace.
Нужно приделать авторизацию, храненение кусков кода и отображение результата.
База подойдёт NoSQL, а можно в файликах хранить
Интерфейс можно написать на AngularJS + NodeJS + Meteor, а можно на PHP + jQuery собрать
Репо CodeMirror
https://github.com/codemirror/codemirror
Репо Ace
https://github.com/ajaxorg/ace
Есть навороченный, но не такой красивый как Codepen проект JSBin
https://github.com/jsbin/jsbin/
А тебе зачем?