Должно сохраняться.
Но при нештатном отключении (ака выдернуть из розетки) конфиги у джуников регулярно теряются, +может разваливаться файловая система.
Как правило, помогает request system configuration rescue save после коммита
Или флешка подсдохла, но это редко.
Нужно воткнуться консольником и читать что он там пишет при загрузке. Ну и логи не мешает посмотреть.
Добавлю можно попытаться добраться до лога загрузки через команду
start shell pfe network fwdd.
Откроется консоль до собственно внутренностей системы.
Команда скрытая и так она вызывается на 650ом SRX, скорее всего у вас так-же.
Простой
