Должно сохраняться.
Но при нештатном отключении (ака выдернуть из розетки) конфиги у джуников регулярно теряются, +может разваливаться файловая система.
Как правило, помогает request system configuration rescue save после коммита
Или флешка подсдохла, но это редко.
Нужно воткнуться консольником и читать что он там пишет при загрузке. Ну и логи не мешает посмотреть.