Может favicon? Если есть правила для веб-сервера вызывать index.php, если не существует какого-то файла, то скрипт запускается два раза, так как браузеры по-умолчанию просят эту иконку для закладок =)
У меня подобная ситуация была. Тоже не мог понять в чем дело, функция вызывается один рад, а добавляет 3. Оказалась настройка файла htaccess, RewriteRule, которая несколько раз переадресовывает страницу.