Левых скриптов может и не быть, может быть модифицирован один из ваших скриптов в который и была добавлена функция вставки в БД.
Надо посмотреть логи, даты модификации ваших файлов, в идеале всё почистить, файлы перезалить ssh временно отключить, базу регулярками почистить.
Доступ со сторонних IP был закрыт
Скорее всего либо ошибка в закрытии, либо открыт слишком большой диапазон, либо гипотетически если вы ходите через VPN хакер завладел доступом к VPN и с его ip зашёл на сервер что маловероятно.