При запуске тестов база не создается абсолютно пустой, т.к. Django выполняет несколько дополнительных шагов после выполнения
syncdb или
migrate (в новых версиях), например она вызывает метод
update_contenttypes, который и заполняет табличку ContentTypes.
Вариантов решения проблемы несколько, но предлагаю дампить данные такой строчкой:
./manage.py dumpdata --natural -e contenttypes -e auth.Permission > dump.json
Таким образом вы исключите из фикстуры данные, которые и так создаются автоматически при каждом запуске тестов.
Для дальнейшего чтения рекомендую
stackoverflow.com/questions/853796/problems-with-c...