Если вы сравниваете именно булевые значения, то разницы нет (потому что "==" и "===" будут работать одинаково, если типы не нужно приводить):
true != true -> false
true === false -> false
false != true -> true
false === false -> true
А если у вас идет приведение типов, то разница, разумеется, есть:
"" != true -> true
"" === false -> false