Какую базу данных Вы используете?
Если структура данных не реляционная в проекте посмотрите в сторону mongodb.
MongoDB является документ-ориентированной базой данных, формат каждого документа коллекции представляет из себя расширенную спецификацию JSON.
Использование такого решения позволит Вам:
1. Не заморачиваться с сериализацией / десериализацией данных.
2. Предоставит возможность удобным способом получить, например, все записи у которых в массиве имеется или отсутствует та или иная ссылка.
3. Позволяет хранить структуру данных любой вложенности массивов и простой выборки из нее, а так же удобно производить обновление данных в коллекции.
4. Каждый документ строго не привязан к структуре к структуре коллекции, как, например, в реляционных бд, таких как MySQL (все строки обладают одинаковым набором данных (т.е нет возможности в одной таблице хранить некоторые записи с одним набором полей, а во второй с другим)). Может быть как плюсом так и минусом, все зависит от конкретных требований к архитектуре и непосредственно хранимых данных.