Скомпилируйте php экстенш, куда вынесите десяток важных и крупных функций из вашего PHP-кода. Без установленного расширения, которое нигде не скачать ваш проект не заработает
Тут зависит от того кто будет работать с этим сайтом.
Для простого пользователя далекого от разработки, достаточно где-то поглубже в коде, например, в инициализации ядра прописать проверку ip и хоста сервера на котором запущен сайт.
Для продвинутых нужно или расширение как предложил Валентин, или зендить свой код и зашивать в него аналогичные проверки сервера.
