Всё очень просто.
Вы каким-то непонятным образом позиционируете блоки. Например, padding: 400px;
у #content.
Попробуйте с нуля переверстать с учётом последовательности блоков.
Блок #content у Вас нализает поверх всех остальных, т.е. все ссылки оказываются как бы под ним. Из-за этого Вы не можете на них нажать, так как он под ним и когда вы наводите/кликаете, вы кликаете не по ним, а по этому #content.