parse_ini_file загружает полностью весь файл в память, создаёт из него структуру(массив) и т.д. То есть просто бешеный перерасход памяти получается, не считая даже остальных ресурсов. Вам с любом случае нужна СУБД (не обязательно mysql), потому, что они как раз для этого и созданы.