У меня макбук про 12 года. Купил его с рук и он хорошо работал. В нем установлено 8 гигов оперативки и заменен hdd на ssd (SPCC Solid State Disk, S9FM01.8). Он работал хорошо на yosemite, пока я не удалил все и сделал internet recovery. После этого поставлся тот же yosemite, но теперь каждое нажатие кнопки мыши или или клавиши сопровождается ожиданием в несколько минут. Это точно не проблема с оперативкой, потому что замена ssd обратно на hdd решает проблему. Но ssd диск точно работает, потому что установленная убунту выдает 500 мегабайт чтения и 300 мегабайт записи с диска.
Я пробовал включать трим при помощи trim enabler, но это не помогло. В интеренете похожих проблем не встречал.
Пробуйте загрузится в рековери режиме (или с загрузочной макофлешки) и выполнить проверку диска и разделов. Очень похоже на повреждение журнала на файловой системе.