User Manual по вашему контроллеру. На 607 странице как раз рассказывается как работать со встроенной флэш-памятью.
Конкретно с этим МК не работал, но общие впечатления такие.
Во флеш памяти лежит ваша программа. Если вы хотите во встроенную флеш грузить какую-то особую информацию, то надо выделить во флеше для этого специальное место. В IDE при создании проекта, или в свойствах проекта можно поискать, и/или файл отдельный есть с разграничением памяти. Ну и понятно, что для программы места будет меньше.
Кроме того, это все же флеш. Соответственно, ограничение по ресурсу на запись есть. Если будете туда писать часто, то быстро закончится. Нужно оценить хватит ли циклов записи на время жизни устройства. Иначе нужно либо внешнюю сменную флеш, либо выделять избыточное количество для этих данных и следить за равномерным его использованием (как в SSD).