> Руками переносить из папки users, думаю, плохая идея.
Вовсе не факт, зависит от приложений. Если приложение не времен Windows XP и удовлетворяет современным требованиям, то пользовательские данные должны лежать в определенных местах (например, в AppData\Roaming). Например, Firefox весь профиль хранит там, поэтому кроме него переносить-то и нечего (т.е. достаточно перенести подпапку Mozilla, и абсолютно все пользовательское, в т.ч. текущие открытые вкладки, будут сохранены). Само собой есть еще Documents, куда тоже часто попадают конфиги (SC2 и D3 хранят сейчас настройки там) и C:\ProgramData, в котором хранятся общие для всех данные, если такие есть.
Безусловно, это не универсальное решение, но если софт не требует от вас знания того, где он что кладет, и ручной настройки, то вероятно он хранит настройки в AppData.