<span class="time"></span>
var timeMain = 60 * 25;
function timeRun(){
timeMain--;
$('.time').html(timeMain);
}
setTimeout(timeRun(), 1000);
setInterval(timeRun, 1000);
// Запускаем и одновременно запоминаем id запущенной операции
var timerId = setInterval(timeRun, 1000);
...
// Останавливаем
clearInterval(timerId);