<span class="time"></span>var timeMain = 60 * 25;
function timeRun(){
timeMain--;
$('.time').html(timeMain);
}
setTimeout(timeRun(), 1000);setInterval(timeRun, 1000);// Запускаем и одновременно запоминаем id запущенной операции
var timerId = setInterval(timeRun, 1000);
...
// Останавливаем
clearInterval(timerId);