Ну первоначальный сетап придется сделать вручную, не вижу смысла писать какую-то автоматизацию. Зашли в админку сети, создали новый сайт сети, назначили админов, активировали нужные плагины. Доустановили плагины, которых еще нет в сети (в том числе site-specific плагины), тему. Ну а дальше уже есть варианты..
У нас так - кастомные темы и плагины висят в git-репозиториях, над ними обычно работает несколько человек. На сам сервер они заливаются не через админку WP или FTP, а через SSH делается git clone репозитория. Соответственно, в процессе дальнейшей работы тимлид мерджит код в одну ветку и релизит. Тут есть возможность и автодеплой сделать, или вручную.
Да, и еще. Если есть возможность держать локальное зеркало вашего мультисайта, то можно использовать плагин
WP Sync DB. Несмотря на название, он синхронизирует не только базу, но и файлы.
Еще есть такая крутая штука как
WP CLI.
Есть плагин
Revisr. Тоже крутая штука.
