1. Нужно ли при переустановки Windows на клиентском компьютере выводить его из домена, если dns имя клиента в итоге не изменится?
Необязательно. Переустанавливаете систему на компьютере, используя тот же хостнейм.
Перед вводом в домен - учетную запись данного компьютера в AD необходимо резетнуть. гуглите "переустановка учетной записи компьютера в домене" - или в оснастке или netdom-ом.
2. Нужно ли выводить клиентский компьютер из домена, при его переименовании?
нет, выводить не нужно. хостнейм - хостнеймом, sid - sid-ом.
3.
Логичнее выглядит схема, где есть один главный DC, с которым синхронизируются все остальные.
Разделять на сайты или нет - выбирать вам. Прочитайте зачем нужны сайты AD (ну не пересказывать же здесь всё) и принимайте решение.
Если у вас широкие и стабильные интернет каналы то вам будет все равно, делать сайты или жить в одном сайте.
4. Здесь у вас богатый выбор.
Можете просматривать скриптом OU и добавлять всем учетным записям необходимые группы.
Можете полностью все это контролировать скриптом еще при создании учетной записи.
Но самый адекватный ответ уже был дан
nApoBo3 : копируйте эталонную учетную запись.