По возможности установите 2 счетчика (например вторым
metrika.yandex.ru/). Тогда можно будет однозначно утверждать, что проблема не связана с подсчетами гугла.
Кстати аналитики говорят, что счетчик гугла врет больше, чем Яндексовский или Liveinternet.