Из .pyc файлов можно один-к-одному, вместе со всеми названиями переменных и функций, достать оригиналный файл, только комментарии будут отсутствовать. Это к тому, что просто .pyc файлы не являются обфускацией.
Можно попробовать скомпилировать
cython часть модулей, а то и вообще всё в бинарь перегнать. Скорости это не добавить, вы ведь так и будите оперировать с питоновскими объектами и их методами везде, но получить обратно исходник не так просто. Возможно необходимо сначало пройтись каким-то тулом, который сможет все имена функций и переменных переобозвать до неузнаваемости, а уже после скомпилировать cython.
Вы можете убить сразу двух зайцев используя cython. Добавить объявление некоторых переменных как C'шные типы, что сделает работу значительно быстрее, а также поможет обфусцировать ваш код на выходе.
