Откройте для себя Process Explorer, в нем помимо прочего можно поиск по хэндлам делать. Ищите по букве диска (или по пути, если занят конкретный файл) и получаете список открытых хэндлов. Далее либо разбираетесь с программой, которая держит файл (что предпочтительнее), либо завершаете ее, либо закрываете конкретно висящий хэндл (правда из-за этого софтина может упасть, но это только в случае, если хэндл ей действительно нужен, а не потерян ею).
