Ну, тут много путей.
1. Настроить несколько DHCP-зон на сервере с Ubuntu. Но тогда придется резервировать всех клиентов в одной из сетей. Т.е. принцип такой: на подсеть резервируем для всех МАСов определенные IP. Эта зона у нас будет выдавать только им. Вторая зона будет выдавать остальным. Но решение кривое, как переломленный в нескольких местах дождевой червь.
2. Первую зону настраиваем для обычных клиентов, вторую настраиваем на роутере с Wi-Fi. Здесь возникает очевидная проблема с NAT, но её можно и избежать, если NAT будет отключен, а вы правильно поиграетесь с настройками VLAN и/или маски подсети.
3. Если Wi-Fi "раздает" тот же самый сервер (например, роутер/точка подключены непосредственно в сервер, по отдельному интерфейсу) можно настроить распределение зон по конкретным интерфейсам сервера.