Есть ли смысл в инкрементируемых ИД для всех таблиц в mongodb?
Обычно нет.
У стандартного _id (ObjectID) есть преимущество, он создается до записи в БД, т.е. что-б узнать итоговый ид, не нужно ждать когда запись в БД завершится, в отличие от инкрементального ид.
Это позволяет, например, отдавать клиенту результат сразу, без ожидания записи (когда нужно отдать ид). Или "клиент" может сам задать _id в запросе, и не ждать ответа, зная какой _id будет у документа. Это дает дополнительную гибкость и производительность.