1. Интересуют прежде всего бесплатные эмуляторы (не обязательно с открытым кодом).
2. Важна возможность автоматизированной работы с IO-портами и управление тактами (чтобы ничего не пропустить).
3. Желательна, но не обязательна возможность отладки. Ассемблер, а может быть C. Или даже Arduino.
Поискал в интернете, дискуссий практически нет, либо они весьма старые. Понял, что Proteus самый классный, но стоит много денег. Есть ещё Emulare, но не развивается уже 2 года. Это именно эмулятор, т.е. работает с hex.
Большинство остальных продуктов - не эмуляторы, а симуляторы: Fritzing, Simulavr, Simulide, Avrora, Amctools.