Интересует именно в контексте PHP. Какие проблемы в данный момент может создать отсутствие пустой строки в конце .php файла? Почему это вошло в стандарт?
sort foo | wc -c reports one more character than cat foo | wc -c - В данном случае не вижу как это может негативно повлиять на PHP-проект.