Если я правильно понял ваш вопрос, то рекомендую использовать конвенцию имён бутстрапа при использовании БЭМ, потому что БЭМ - это в первую очередь методология, целью которой является прозрачность кода и изоляция стилей. А если вы будете смешивать две конвенции имён, то прозрачность кода вы ухудшите.