Вероятнее всего, вам поможет chattr -R +i /var/www (man)
Если нет, то все становится интереснее. Посмотрите, есть ли примонтированные в RO диски: egrep " ro,|,ro " /proc/mounts
Если диск, на котором /var/www в этом списке - стоит подумать, как вам его перемонтировать в RW и как вообще так получилось.