Cordova использует некий, мне не знакомый, W3C Web SQL Database, но как я понимаю, это что-то вроде localStorage и хранится где-то рядом, а никак не в нативном виде.
Соответственно переносить все данные придется вручную, т.е. открыть вебвью с cordova приложением, достать все данные и с помощью плагина перекинуть их в нативную базу. Как-то так я себе это представляю.