DPI не должен иметь значение - все размеры должны быть в пикселях.
Стандартов по наименованию нет - по мне так это и не обязательно прям каждый слой называть. Я как верстальщик все равно тыкаю выделением в нужный объект и слой у меня выделяется, на его название мне пофиг. Главное, чтобы один объект не был раскидан по нескольким слоям, если того не требует анимация или что-то еще. Допустим статичный фон должен быть одним слоем (возможно с параметрами слоя), но не со всякими коректирующими слоями, масками и т.д.
Про пагинацию - если макет на каждой странице отличается друг от друга (что уже плохо само по себе), то да - рисовать для каждой страницы отдельный макет. Либо же, если позволяет дизайн, скрытым слоем (группой слоев) указывать различия дизайна для разных страниц. В любом случае верстальщику должно быть понятно куда что вставлять.