Если связи организованы как внешние ключи, то в MySQL Workbench есть Reverse Engeneer, который на EER-диаграмме их показывает, в Navicat скорее всего тоже. Если связи были только в голове разработчика, значит смотрите все таблицы и по названиям полей пытаетесь догадаться, что есть что.