Извечная проблема деплоймента. Если сайт небольшой и не-частообновляемый, то проще всего скачать ночью live базу, внести изменения, залить обратно.
Если сайт большой, то пишут миграции — код, который апгрейдит/даунгрейдит базу с версии N на версию N + 1, также пишется скрипт, который смотрит версию БД и применяет нужные миграции.
Но этот вариант, на мой взгляд, плох, так как код миграций надо писать руками, и это сомнительное удовольствие. Я же и так базу ковыряю запросами, почему миграции не генерировать как-то автоматически? Зачем делать все по 2 раза? А вот спросите у любителей Руби, почему им нравится делать все одну и ту же работу 2 раза.