Вроде /etc/hosts это вообще файл для ручной правки; туда никакой демон автоматом ничего не пишет.
А что мешает добавить путь к нужному файлу в config dnsmasq как строчку list addnhosts '/path/to/file'? Он подгрузится и будет использоваться вместо /etc/hosts