codepen.io/suez/pen/2ab9aaf1b3290ea5ebdcbaee61898f64 - похоже на необходимый эффект?
В общем перепробовал массу способов, вариант с margin самый адекватный. При использовании translate все дергается при анимации, видимо из-за sub-pixel rendering.
Я естественно позволил себе сделать прототип с использованием вьюпорт едениц, но по виду и вы их юзать можете, раз уж вы пытались юзать clip-path с куда более скромной поддержкой :)
Для того чтобы расположить элементы не в % величинах (там где у меня юзается left: 20% например), надо будет либо хардкодить свои цифры, либо просто юзать calc(), считая отступ центра кружка относительно вертикального центра страницы.