Вопрос сложный, ибо пока в Unity нету нормальной поддержки WebGL, three.js же изначально затачивается на работу в браузере. Всё определяется вашей готовностью ждать и сложностью проекта, который вы намереваетесь сделать. Можете посмотреть другие движки, например blend4web, он более продвинутый чем three.js, но требует денег в случае если вы захотите разрабатывать коммерческие решения.