Да, ваш файл и у меня тоже после копирования с POI теряет форматирование, да и вообще открывается с ошибками. Как я и предполагал, дело в самом файле: в нем слишком много всего наворочено, даже парольная защита на изменения... К сожалению, POI не всемогущий, и поддерживает далеко не все функции Excel. И дело не столько в разработчиках POI, сколько в формате, используемом Microsoft. Разработчики POI даже используют аббревиатуру HSSF - Horrible Spreadsheet Format (ужасный формат таблиц). Думаю, что в чистом виде в вашем случае решения проблемы с POI нет, надо искать обходной вариант. Можно попробовать использовать нативный API Microsoft (для Java затруднительно), либо как-то менять исходный файл, либо смириться с потерями и брать из файла только данные (а форматирование реализовывать в своём коде).
Вообще, POI в основном используется для выгрузки данных Java-программ, а работа с произвольными существующими файлами применяется редко...