Я думаю страх очень простой - из-за отстуствия ощущения поддержки. Большого Брата вроде MS или Оракла не стоит за Node.js. Я конечно не хочу сказать, что всем на него плевать и никто не предложит поддержку - другое дело, насколько эти фирмы на слуху.
Смежным вопросом является доступность важных для коммерческой разработки вещей. Если вы ранее использовали WCF - не удивительно, что после такой махины, которая из коробки поддерживает огромное количество стандартов для олдскульных XML веб-сервисов (с безопасностью, адресацией и т.д.), и даже REST-сервисы, многие захотят идти в ноду и заново собирать себе там необходимые инструменты и библиотеки, даже если они есть (что конечно надо сначала проверить).
Ну и, наконец, основным субъективным фактором является желание использовать полученные навыки. У WCF довольно приличный порог входа, и разбираться нужно реально долго, прежде чем можно чтото применить на практике с пониманием происходящего. Это как с WPF последнее время народ негодует - все потратили N месяцев на изучение (один XAML чего стоит), а от майкрософта за последние 6 лет толком не новшеств ни обновлений не было, все смотрят на переписанный с нуля ASP.NET (который теперь всю платформу ведет в правильное русло), и завидуют. Так и вы приходите весь в белом и говорите - забейте на ваш багаж корпоративного дотнета, все идем в ноду.