NSArray статичен.
Первое что пришло в голову, как то так.
NSMutableArray *array = [[NSMutableArray alloc] initWithArray:@[@0, @0]];
NSLog(@"array %@",array);// 0, 0
[array replaceObjectAtIndex:0 withObject:@([array[0] intValue] +1)];
NSLog(@"array %@",array);// 1, 0