В принципе разница есть, но все зависит от того что вы хотите сделать.
Если вы добавляете через конструктор, то он создается и инициализируется в Form1.Designer.cs при запуске формы.
Если в коде, то там где хотите, когда хотите и как хотите.
Если элемент один, то можно просто перетащить на форму, но если их 100500+, то намного проще будет инициализировать из цикла, попутно запихивая в какой нибудь массив.
Стоит отметить, что добавленные компоненты в конструкторе умрут вместе с формой, а те что сделанные в коде будут жить пока их не уберет сборщик мусора или вы их не удалите.