Есть такая полезная вещь в иллюстраторе, как символы. Шапку, футерню, кнопки и прочие элементы UI я делаю символами. И, когда надо, изменяю только символ. Все экземпляры меняются автоматически.
А страницы группирую в соответствии с иерархией. Например, в файле blog у меня находится страница ленты блога и собственно сам контент отдельной статьи, а в файле company - страницы about, contacts, our team, testimonials и т. п. В общем, создаю файл одноименный с пунктом меню первого уровня и в нем на отдельных страницах подпункты этого меню (если есть). Правда при сложной иерархии страниц все равно приходится плодить кучу страниц. Но, тем не менее, при копировании экземпляров в новые файлы, они автоматом добавляются в библиотеку символов. Только в случае изменения объектов все равно придется копипастить в каждый файл обновленный символ.
И, как сказал Const V, unembed images тоже можно использовать.
Кстати, в плане цветов илл тоже удобен. Можно экспортировать библиотеку образцов цветов, делать их глобальными (меняя глобальный цвет можно перекрасить все объекты, которым присвоен этот цвет).