Как вариант могу предложить такое решение. Построчно читаете файл(например, сконвертировав его в csv, а потом при помощи
fgetcsv). При каждой итерации просто делаете выборку количества записей с указанной подстрокой:
SELECT COUNT(*) FROM my_table WHERE col1 LIKE '%123%';
Если count > 0, то, соответственно, совпадения есть.
Подробнее про поиск подстрок:
https://dev.mysql.com/doc/refman/5.7/en/pattern-ma...