Если я правильно понял вопрос.
Пусть у нас есть два файла 1.txt и 2.txt
cat 1.txt
100
2323
2390238
32322323
9002
cat 2.txt
34
4343
434
2390238
32322323
9002
С таким содержанием.
Теперь их можно сравнить и вычислить разницу таким образом:
#!/usr/bin/env perl
use strict;
use warnings;
use utf8;
use File::Slurp;
use Array::Utils qw(:all);
my @arr1 = read_file( '1.txt', chomp => 1 );
my @arr2 = read_file( '2.txt', chomp => 1 );
# Получилось 2 массива.
# Теперь сравниваем их c помощью use Array::Utils qw(:all);
# И вычисляем разницу
# Получаем элементы из массива @аrr1, которые не входят в массив @arr2
my @minus = array_minus( @arr1, @arr2 );
for my $i (@minus){
print "$i \n";
}
Результат работы:
100
2323
Теперь можно то что находится в массиве
@minus записать в файл да и все.
