Яндекс загружает все страницы, но в индекс попадут только уникальные и полезные по мнению Яндекса.
Он может исключить из выдачи категории, страницы дубли, загруженные документы и т.д., но проиндексировать их все. Даже страницу поиска и незакрытые от индексации внутренние страницы, иногда даже админку. Так что нужно смотреть, что конкретно в выдаче и что туда не попало.
Можно ускорить процесс попадания путём социальных сервисов, типа мини прогона по не попавшим страницам, это может помочь, но может и навредить. Зависит от сайта.