Забыл сказать, что нашел решение - Woocommerce JetPack, делает очень много полезных вещей, в том числе и кастомные системы оплаты, правда чтобы прикрутить отсылку сообщений о способе оплаты на e-mail клиентам сделавшим заказ, пришлось немного подправить function.php.
add_action( 'woocommerce_email_before_order_table', 'add_order_email_instructions', 10, 2 );
function add_order_email_instructions( $order, $sent_to_admin ) {
if ( ! $sent_to_admin ) {
if ( 'bacs' == $order->payment_method ) {
//STANDART MESSAGE
} else {
// other methods (ie credit card)
echo '<p>Переведите деньги на карту Сбербанка России. Ваш заказ не будет отправлен до тех пор, пока денежные средства не поступят на наш счет.<br/>Номер карты: **** **** **** ****<br/>ФИО Держателя карты: ИВАНОВ ИВАН ИВАНОВИЧ</p>';
}
}
}
