Очень неудобное описание.
Пульсирующий затихающий, это хотя бы тон, мелодия или скрежет?
Есть вероятность просто повреждение кулера (попадание постороннего предмета или например поломка одной из лопастей), в результате чего это просто физическое тарахтение, которое уходит когда вентилятор "отпихивает лопасть" за пределы действия. При быстром вращении вентилятора, тарахтение может напоминать и странный звук. Из-за этого, кстати и перегревание может появиться.
Попробуйте пошевелить ноут в процессе работы, выяснить нет ли проблем в этом плане