Попробуйте каждому слайду добавить атрибут data-index с соответствующим индексом, ну а дальше через jQuery его получить при наведении:
$('.jcarousel').find('li').on('mouseover', function() {
var index = $(this).attr('data-index');
});
Ну, это приблизительно, и не даю гарантии, что сработает. По идее, это должно помочь решить проблему с тем, что в зацикленной карусели нельзя получить индекс слайда просто через index(), т.к. он слайды по мере прокрутки меняет местами. Когда писал ответ, смотрел вот на
этот пример, поскольку свой пример вы не приложили к вопросу.