Лучше PDF, так как кроссплатформенность и вид будет везде одинаковый (раз так все серьезно, по ГОСТу)
А для генерации PDF можно использовать
PHPExcel
Если оригиналы есть и в Excel, то можно их использовать, как шаблон, в который PHPExcel будет подставлять нужные данные и сохранять.