Если Вы отправляете с сервера на клиент информацию, содержащую белый IP, всё должно быть хорошо.
Если Вы отправляете с клиента на сервер информацию, содержащую серый IP, то сетевое устройство, выполняющее в сети клиента NAT (меняющее серые адреса на белые), должно понимать протокол передачи, заменять серые адреса и порты на белые внутри Вашего пакета и открывать соответствующие этим портам дополнительные временные NAT-туннели. Эта технология называется "ip inspect". Если Ваш протокол проприетарный, то вряд ли сетевое оборудование будет уметь его декодировать, чтобы модифицировать передаваемые внутри его IP и порт.