configure ругается, а не последующий make? configure же вроде больше общие библиотеки проверяет, да компилятор. Посмотрите configure --help, может, там что-то полезное будет. В принципе, обычно тонкие настройки передаются configure через временные переменные окружения, например: LFLAGS=путь/к/новой/библиотеке.lib ./configure